Dans ce thriller plein de rebondissements inspiré de la très populaire série de jeu vidéo, il se passe quelque chose de terrible dans le Hive, ce vaste laboratoire de recherche souterrain. Un virus mortel s’est répandu et Red Queen, le super ordinateur qui contrôle tout le complexe, a scellé les lieux pour empêcher que le virus ne se répande, tuant du coup tous les employés. Quand Alice (Milla Jovovich) et Rain (Michelle Rodriguez) prennent la tête d’un commando qui doit isoler le virus, elles découvrent rapidement que les employés ne sont pas vraiment morts; ce sont désormais des zombies féroces dont une seule morsure ou griffure suffit à contaminer les gens. Alice et son groupe d'intervention disposent de trois heures au cours desquelles ils devront surmonter une série d’obstacles et accomplir leur mission, avant que le virus n’infeste la Terre.