Après avoir bâclé un dossier et coincé un homme innocent, l'équipe de Mystery Inc. est forcée d'abandonner la résolution de crimes. Mais leur vieil ami Vincent Van Ghoul a bien vite besoin de leur aide, et l'équipe se remet en marche. C'est pendant un certain été que tout a commencé, alors que Scooby-Doo, Shaggy et Daphne ont secrètement pourchassé douze des plus effrayants fantômes du monde, ratant toutefois la capture du plus malin d'entre eux : le treizième fantôme. Avec ce dernier fantôme en cavale, la bande devra oublier ses secrets passés et régler des affaires non classées. Sortez vos mitaines et préparez-vous aux versants glacés de l'Himalaya, à des poursuites automobiles givrées, à des boules de cristal, à des sorts qui donnent la chair de poule... à un film drôlement épeurant!