Lorsque la Ligue des justiciers disparaît et que les méchants s'emparent de Metropolis, il n'y a qu'une seule équipe qui peut élucider le mystère : Scooby-Doo et sa bande! Mais attendez! Il y a un nouveau chien en ville : Krypto, le superchien de Superman qui est doté de superpouvoirs. Lorsque des fantômes menacent le quartier général de la Ligue des justiciers, Mystères associés a besoin de toute l'aide possible. Lex Luthor s'est-il rangé? Ou est-il de mèche avec le Joker et Harley Quinn? Les super-méchants de DC ont déjà affronté Superman par le passé, mais ils font désormais face à quelque chose de complètement inédit : une bande de jeunes curieux!