En eaux troubles : Le temps presse. Jonas Taylor (Jason Statham), plongeur secouriste, doit sauver l'équipage d'un sous-marin d'exploration abyssale de l'attaque d'un énorme requin pensé disparu. En eaux très troubles : Après avoir sauvé un jeune requin et l'avoir étudié en captivité, Jonas (Jason Statham) et son équipe sont de retour pour une exploration plus approfondie de la fosse des Mariannes. Mais leur périple tourne à la catastrophe lorsqu’une opération d’extraction minière illégale met en péril leur mission. Ils doivent à présent combattre et survivre face à de nouveaux ennemis, humains ou non.