A la suite d'essais nucléaires français dans le Pacifique Sud, une créature inconnue est aperçue passant vers l'ouest par le Canal de Panama. Le scientifique Niko Tatopolous est appelé pour enquêter sur le sujet, et il arrive vite à la conclusion qu'un lézard géant irradié a été créé par les explosions. Godzilla® se rend ensuite vers le nord, arrive à Manhattan et fait des ravages dans la ville. Les forces combinées de l'armée américaine vont-elles suffire pour combattre le monstre et sauver les New-Yorkais ?