Un Collega Insostituibile
Stagione 3, Episodio 1 Senza classificazione
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L omicidio improvviso di una madre di famiglia è uno spunto inaspettato per spingere Bones a rivalutare il suo rapporto con il padre e le intenzioni di lui nei suoi confronti. Booth, seguendo le indagini, scopre che l omicidio è l ultimo strascico di un caso aperto ben 3 anni prima e di cui si era occupato il suo mentore.
Un Mondo Più Giusto
Stagione 3, Episodio 2 Senza classificazione
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L omicidio improvviso di una madre di famiglia è uno spunto inaspettato per spingere Bones a rivalutare il suo rapporto con il padre e le intenzioni di lui nei suoi confronti. Booth, seguendo le indagini, scopre che l omicidio è l ultimo strascico di un caso aperto ben 3 anni prima e di cui si era occupato il suo mentore.
Amore Sbagliato
Stagione 3, Episodio 3 Senza classificazione
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In un bosco viene trovato il corpo di un uomo ucciso in un modo tanto singolare quanto efferato. Le indagini portano alla scoperta di una allegra compagnia che pratica il feticismo equino, una perversione sessuale con risvolti sadomaso. E questo l ambiente in cui si trovano a lavorare Brennan e Booth e sorge spontaneo il confronto sul significato del vero amore. Angela tenta con l ipnosi di ricordare il nome dell uomo che ha sposato una mattina all alba alle Fiji, ma il ricordo riaffiorerà alla memoria nel modo più semplice e naturale.
Segreto Del Suolo
Stagione 3, Episodio 4 Senza classificazione
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Mentre Brennan e Booth vengono “valutati” da uno psicanalista che deve decidere se possono continuare o meno la loro collaborazione, in parallelo si indaga sulla morte di Frank Curtis, re del biologico, il cui cadavere viene trovato in stato di decomposizione nei pressi di un ex-ospedale. Ma dalle indagini si scopre che Frank era scomparso solo da pochi giorni e quindi il suo corpo è stato bruciato in qualche modo.
La Mummia Nel Labirinto
Stagione 3, Episodio 5 Senza classificazione
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In un parco dei divertimenti, all interno di una delle attrazioni, viene trovata una mummia che purtroppo non è un fantoccio, ma un vero cadavere. Gli eventi si svolgono a ridosso della notte di Halloween e il gruppo di lavoro del Jeffersonian, che la sera sarà impegnato in una festa di rappresentanza, si trova a gestire l indagine in abiti e situazioni fumettistiche.
Chiunque, Ma Non Uno Di Noi
Stagione 3, Episodio 6 Senza classificazione
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In un inceneritore vengono scoperti i resti di una ragazza interna dell istituto. Si incomincia ad indagare e tutti vorrebbero affibbiare il delitto al serial killer ma Booth lo esclude a priori e lentamente emergerà una torbida storia di amore, prestigio e contrabbando. Bones è amareggiata nello scoprire che l assassino è proprio uno degli scienziati del Jeffersonian.
Il Ragazzo Nella Capsula Del Tempo
Stagione 3, Episodio 7 Senza classificazione
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Sono trascorsi 2 anni da quando gli studenti dell ultimo anno del Foothill sotterrarono una cassa contenente gli oggetti simbolo dei loro mitici anni 8. Purtroppo, all apertura della loro capsula del tempo, li attenderà una spiacevole sorpresa: il cadavere di uno dei loro compagni di scuola, il cui corpo è rimasto a macerare per 2 lunghi anni fondendosi con il resto degli oggetti. L agente Booth e la dottoressa Brennan, coadiuvata dalla sua squadra di medici del Jeffersonian, dovranno fare luce su un caso piuttosto delicato. Lo scheletro in questione appartiene a Roger Dillon, il cervellone della scuola, vittima degli abusi fisici del padre e degli scherni dei suoi compagni. Ma alla fine, il colpevole della sua morte si rivela essere l unica persona di cui Roger si fidava, Gil Bates, il suo migliore amico.
I Cavalieri Di Colombo
Stagione 3, Episodio 8 Senza classificazione
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Viene trovato un cadavere a cui mancano le rotule e Bones e Booth pensano subito ai Gormogon; le rotule vengono poi spedite a casa di Bones. Intanto al Jeffersonian si scopre che i Gormogon usano uno schema per scegliere le vittime, basato sulle carte dei tarocchi; la squadra arriva così a chi dovrebbe essere la prossima vittima, cioè un Cavaliere di Colombo, un'associazione segreta di corruttori politici. Con l'aiuto di Zach si scopre che una statua ritrovata nel deposito è in realtà una telecamera nascosta, quindi i Gormogon hanno potuto seguire tutte le mosse di Bones e di Booth. Sfruttando il fatto a loro vantaggio, Bones e Booth fanno credere ai Gormogon che stanno per trasferire lo scheletro d'argento, aspettando che vengano a riprenderselo. I due seguono una moto nera con un taxi ma è solo un tranello; il ragazzo sulla moto piazza una bomba, le cui schegge sono dei denti, che fa esplodere Bones e Booth. Il killer scappa un'altra volta ma grazie ai denti ritrovati si riesce a capire chi fosse il maestro dell'attuale Gormogon, un vecchio malato del morbo di Alzheimer.
Un Babbo Natale Insanguinato
Stagione 3, Episodio 9 Senza classificazione
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Siamo nel periodo natalizio: Bones si prepara a partire per il Perù e Booth è triste perché non potrà passare il Natale con Parker; viene trovato un cadavere decomposto sotto la grata di un centro commerciale. Si comincia ad indagare e tutti gli indizi portano a pensare che il cadavere sia il vero Babbo Natale: calci di renna, vive sopra un negozio di giocattoli, nel suo armadio c'erano solo costumi da Babbo Natale e la casa è tutta rossa e piena di luci e giocattoli. Intanto Max vorrebbe riunire la famiglia per Natale ma l'unico modo è ottenere la roulotte coniugale; Bones per ottenerla deve chiedere il permesso scritto di Caroline che le dice che firmerà solo se Bones e Booth si daranno un bel bacio sulle labbra sotto il vischio, visto che lei a Natale si senta maliziosa e Bones, per niente scontenta, accetta. Nel caso del Babbo Natale si scopre che in realtà questo tizio lavorava per un centro di beneficenza che a Natale fa vestire gli impiegati da Babbo Natale per andare in giro con una campana a chiedere le offerte. Il nostro Babbo Natale era il numero uno ma anche un borseggiatore. Bones e Booth si baciano appassionatamente sotto il vischio ed entrambi sembrano molto felici, ed un po' imbarazzati, e Caroline dà il proprio okay per la roulotte, anche se non potrà avere l'albero o le decorazioni natalizie. Viene fuori che l'assassino è uno dei Babbi Natale, che l'ha ucciso con una campana di ottone. Bones rinuncia ad andare in Perù e va da suo padre, Russ, Amy e le bambine per festeggiare il Natale tutti insieme. Parker scappa da Rebecca e va da Booth all'Fbi così decidono che Parker passerà la notte di Natale con il padre. Booth chiama Bones per augurarle Buon Natale e dirle che finalmente Parker è con lui: le dice di guardare fuori dalla finestra dove c'è proprio Booth con un bellissimo albero di Natale scintillante.
L'uomo Nel Fango
Stagione 3, Episodio 10 Senza classificazione
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Sweets spinge Booth e Bones a uscire una sera insieme a lui e alla sua fidanzata; lo scopo dovrebbe essere quello di esaminare da vicino il comportamento dei due, ma poi sarà lo stesso Sweets a trovarsi in difficoltà nel suo rapporto di coppia. Le indagini di questo episodio riguardano invece un cadavere trovato in una pozza di fango, utilizzata solitamente per scopi terapeutici, ma che è diventata la tomba di un malcapitato motociclista.
Lo Sport Fa Male
Stagione 3, Episodio 11 Senza classificazione
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Booth e Bones indagano sul corpo trovato nel retro delle tribune di un campo da Basket. Il cadavere si rivelerà essere di un giocatore della squadra della scuola, rimasto impantanato in una complessa situazione fatta di steroidi, di cheerleader e di gelosia paterna. Bones non ha una buona opinione generale degli sportivi e Booth approfitterà della situazione per farla ricredere.
Ricominciare Da Un Ponte
Stagione 3, Episodio 12 Senza classificazione
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Una donna, Meg Taylor, viene carbonizzata e gettata fuori dalla macchina. Il suo bambino si salva miracolosamente e viene affidato alla tutela della dottoressa Brennan, finchè non verrà fatta chiarezza sull accaduto. La vittima viveva ad Huntsville, una città fantasma, la cui economia era ormai crollata. L indagine rivela un secondo omicidio, quello dell amministratore della società per cui lavorava Meg. Il bambino, lentamente, riesce a fare breccia nel cuore di Bones, che decide di utilizzare i profitti del suo prossimo libro per ridare una speranza alla città del piccolo Andy.
L'uomo Nero
Stagione 3, Episodio 13 Senza classificazione
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Mentre Booth e Bones si apprestano a iniziare una nuova indagine, Caroline va a informarli che sta per iniziare il processo per omicidio a carico di Max, il padre di Temperance. Durante il processo, per accusa e difesa ci saranno alti e bassi : la giuria ha bisogno di un « uomo nero » da incolpare per l omicidio e quello nero, potrebbe darglielo proprio Bones.
Voglia di cantare
Stagione 3, Episodio 14 Senza classificazione
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L'episodio gira attorno alla voglia di cantare che è presente in ciascuno di noi, soprattutto in alcuni elementi della gruppo di Bones e sull'atroce fine di un cantante dilettante il cui cadavere, arrotato da una mietitrice era stato casualmente rinvenuto. Indagando sul giro di persone che ruotavano attorno alla vittima, Booth dovrà fare i conti con una pazza fanatica che prima si era invaghita della vittima e poi l'aveva preso di mira. L'insospettabile vicino di casa che aveva denunciato la scomparsa del cantante alla fine si rileverà essere il mostro di turno. L'episodio si conclude, così come era iniziato, nel locale karaoke con Booth accasciato a terra colpito al petto dalla pazza fanatica, a sua volta colpita mortalmente da Bones accorsa in difesa del proprio partner.
L'ultimo Discepolo
Stagione 3, Episodio 15 Senza classificazione
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In questo quindicesimo e ultimo episodio, si conclude la trama orizzontale della terza stagione, riguardante il serial killer Gormogon, il suo apprendista e i loro rituali cannibalistici. Stessa sorte sembra profilarsi per il divorzio di Angela Montenegro, il cui marito è riapparso da due episodi. Bones riceve via posta la mandibola di un uomo: dopo svariati test si riscontra che la mandibola era stata scuoiata dai denti di un essere umano. Bones e Booth ritornano ad investigare per cercare di trovare il serial killer cannibale Gormogon, ma un'esplosione al laboratorio dove stavano lavorando Zach ed Hodgins ferma tutto poiché Zach deve essere trasportato con urgenza all'ospedale, per ustioni di terzo grado alle mani. Mentre avveniva l'esplosione lo scheletro che veniva montato via via con pezzi di ossa umane sparisce. Così all'interno del Jeffersonian scatta la caccia all'assassino, cosa che fa diventare tutti timorosi perché consapevoli che il killer è uno di loro. Dopo avere effettuato altre ricerche sulla mandibola Bones e Booth riescono a capire chi fa da discepolo al cannibale: si tratta di Zach che viene rinchiuso in un centro psichiatrico. L'episodio fa rilevare che, seppure psicotico, Zach aveva in qualche modo anteposto l'incolumità dell'amico Hodgins al farneticante disegno di cui lui stesso era rimasto involontariamente vittima.