Etter tusenvis av år våkner Apocalypse, den første og mektigste mutanten, for å finne en verden styrt av mennesker. Bestemt på å kvitte seg med menneskeheten, rekrutterer han en gruppe mutanter for å skape en ny verdensorden. I en desperat kamp for å redde menneskeheten leder Professor X de unge X-Mennene i en episk kamp mot en ustoppelig fiende som vil avgjøre verdens sjebne.