Het mysterie wordt groter voor de overlevenden van een buitenaardse invasie als Falling Skies aan zijn tweede seizoen met mysterieuze nieuwe wezens start. Het is drie maanden geleden sinds de voormalige collegeprofessor, vader van drie kinderen en leider van de burgerlijke verzetsgroep Tom Mason (Noah Wyle) vrijwillig met de aliens op een van hun schepen meeging om zijn zoon te bevrijden en hun plannen te achterhalen. Niemand heeft sindsdien iets van hem gehoord. Ben en zijn oudere broer, Hal, werpen zich op als vechters, maar hebben al snel ruzie omdat ze hun rol als leider willen veiligstellen terwijl hun vader afwezig is. Er zijn vele levens gesneuveld sinds het vertrek van Tom, maar de overlevenden van de 2nd Mass vechten nog steeds door met moed en veerkracht. In het eerste seizoen moesten de helden hun trauma verwerken nadat ze hun wereld verloren, nu schieten ze in actie en vechten ze terug!