De duisternis groeit in GOTHAM wanneer ambitieuzere en nog slechtere schurken verschijnen, en nieuwe allianties de strijd om de macht in Gotham City aanwakkeren. Terwijl detectives Jim Gordon en Harvey Bullock in het tweede seizoen in de voorhoede strijden tegen de misdaad in deze gevaarlijk corrupte stad, wankelt het moreel kompas van Gordon wanneer hij wordt geconfronteerd met de meest beruchte criminelen van Gotham. Ondertussen probeert hij nog steeds het vertrouwen te winnen van de jonge Bruce Wayne, die nu duidelijk op weg is om de held te worden die wij kennen, nadat hij de diepste geheimen ontdekt van zijn vader. In de epische machtsstrijd in de finale van seizoen één, veroverde de Penguin de macht in de onderwereld van Gotham. In seizoen twee van GOTHAM volgen we het verhaal van Edward Nygma/The Riddler en Selina Kyle/de toekomstige Catwoman, en zien we nieuwe schurken ontstaan, waaronder The Joker en Mr. Freeze.