A história acompanha os esforços heroicos da agência criptozoológica, Monarch, enquanto seus membros enfrentam diversos monstros colossais, incluindo o poderoso Godzilla, que cria um conflito com Mothra, Rodan, e seu arqui-inimigo supremo de três cabeças, o Rei Ghidorah. Quando esses seres antigos, que até então não passavam de lendas, ressurgem, todos começam a competir pela supremacia, deixando a própria existência da humanidade por um fio.