A série é uma homenagem aos lendários quadrinhos de Frank Miller de Wolverine dos anos 80. Logan, também conhecido como Wolverine, fica sabendo por seu amigo e agente do serviço secreto japonês que Mariko, namorada de Logan, que desapareceu de repente de Nova York, está agora em Tóquio. Ela foi sequestrada por membros da organização criminosa “Kuzuryu”, cujo chefe é Shingen Harada, pai de Mariko. Logan vai para o Japão para destruir Kuzuryu e salvar Mariko. Em Tóquio, Wolverine descobre que Shingen não é o único vilão que ele deve enfrentar. Ele deve viajar para Madripoor – uma ilha cidade-estado governada por criminosos – para terminar o que ele começou em Tóquio. Isso só pode acontecer se ele derrotar “Kikyo” - o mutante japonês do tipo de Wolverine – e Ômega Vermelho – o mutante russo e inimigo de Wolverine desde a época da Guerra Fria.